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{orig → migrated}/lat_mod.R RENAMED
@@ -3,13 +3,14 @@
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  ### code chunk number 8: lat.Rnw:179-187
5
5
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6
- library(rgdal)
7
- NY8 <- readOGR("NY8_utm18.shp", "NY8_utm18")
8
- TCE <- readOGR("TCE.shp", "TCE")
6
+ library(sp)
7
+ library(sf)
8
+ NY8 <- as(st_read("NY8_utm18.shp"), "Spatial")
9
+ row.names(NY8) <- as.character(as.integer(row.names(NY8))-1L)
10
+ TCE <- as(st_read("TCE.shp"), "Spatial")
9
11
  library(spdep)
10
12
  NY_nb <- read.gal("NY_nb.gal", region.id=row.names(NY8))
11
- cities <- readOGR("NY8cities.shp", "NY8cities")
12
-
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+ cities <- as(st_read("NY8cities.shp"), "Spatial")
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  ### code chunk number 9: lat.Rnw:193-210
@@ -309,7 +310,7 @@
309
310
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310
311
  ### code chunk number 52: lat.Rnw:1579-1581
311
312
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312
- library(pgirmess)
313
+ library(pgirmess) #need >= 2.0.0
313
314
  corD <- correlog(coordinates(NY8), NY8$Cases, method="Moran")
314
315
 
315
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@@ -497,7 +498,7 @@
497
498
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498
499
  ### code chunk number 72: lat.Rnw:2423-2425
499
500
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500
- nysarw <- spatialreg::spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, listw=NYlistw, weights=POP8)
501
+ nysarw <- spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, listw=NYlistw, weights=POP8)
501
502
  summary(nysarw)
502
503
 
503
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@@ -529,7 +530,7 @@
529
530
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530
531
  ### code chunk number 76: lat.Rnw:2548-2551
531
532
  ###################################################
532
- nycarw <- spatialreg::spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="CAR",
533
+ nycarw <- spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="CAR",
533
534
  listw=NYlistw, weights=POP8)
534
535
  summary(nycarw)
535
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@@ -537,7 +538,7 @@
537
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538
539
  ### code chunk number 77: lat.Rnw:2624-2626
539
540
  ###################################################
540
- nysarwM<-spatialreg::spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="SAR",
541
+ nysarwM<-spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="SAR",
541
542
  listw=NYlistw, weights=POP8, method="Matrix")
542
543
 
543
544
 
@@ -553,7 +554,7 @@
553
554
  1/range(eigenw(NYlistw))
554
555
  nysar_ll<-spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="SAR",
555
556
  listw=NYlistw, llprof=100)
556
- nysarw_ll<-spatialreg::spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="SAR",
557
+ nysarw_ll<-spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="SAR",
557
558
  listw=NYlistw, weights=POP8, llprof=100)
558
559
 
559
560
 
@@ -573,7 +574,7 @@
573
574
  ###################################################
574
575
  ### code chunk number 81: lat.Rnw:2711-2714
575
576
  ###################################################
576
- nysmaw<-spatialreg::spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="SMA",
577
+ nysmaw<-spautolm(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, data=NY8, family="SMA",
577
578
  listw=NYlistw, weights=POP8)
578
579
  summary(nysmaw)
579
580
 
@@ -614,14 +615,14 @@
614
615
  ###################################################
615
616
  ### code chunk number 86: lat.Rnw:2942-2943
616
617
  ###################################################
617
- library(McSpatial)
618
+ #library(McSpatial) archived
618
619
 
619
620
 
620
621
  ###################################################
621
622
  ### code chunk number 87: lat.Rnw:2945-2947
622
623
  ###################################################
623
- McRes <- sarml(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, wmat=listw2mat(NYlistwW), eigvar=eigenw(NYlistwW), print=FALSE, data=NY8)
624
- c(McRes$beta, rho=McRes$rho, sig2=McRes$sig2)
624
+ #McRes <- sarml(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, wmat=listw2mat(NYlistwW), eigvar=eigenw(NYlistwW), print=FALSE, data=NY8)
625
+ #c(McRes$beta, rho=McRes$rho, sig2=McRes$sig2)
625
626
 
626
627
 
627
628
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@@ -712,7 +713,7 @@
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713
714
  ### code chunk number 98: lat.Rnw:3287-3288
714
715
  ###################################################
715
- fit <- qregspiv(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, wmat=listw2mat(NYlistwW), data=NY8, tau=.5, nboot=200)
716
+ #fit <- qregspiv(Z~PEXPOSURE+PCTAGE65P+PCTOWNHOME, wmat=listw2mat(NYlistwW), data=NY8, tau=.5, nboot=200)
716
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718
 
718
719
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@@ -771,4 +772,9 @@
771
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  nylam1 <- c(summary(nyGAMp)$edf)
773
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775
+ (sI <- sessionInfo()) # check: no sp?
776
+
777
+ "rgdal" %in% c(names(sI$otherPkgs), names(sI$loadedOnly))
778
+ "rgeos" %in% c(names(sI$otherPkgs), names(sI$loadedOnly))
779
+ "maptools" %in% c(names(sI$otherPkgs), names(sI$loadedOnly))
774
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